В соответствии с действующим законодательством Республики Казахстан акционерами Центрального депозитария могут быть профессиональные участники рынка ценных бумаг, имеющие действующую лицензию на осуществление профессиональной деятельности на рынке ценных бумаг и международные финансовые организации.
В состав акционеров на 01 января 2012 года входят Национальный Банк Республики Казахстан, АО "Казахстанская фондовая биржа", 14 банков второго уровня, 7 брокерских организаций и 1 регистратор.
Состав акционеров Центрального депозитария по состоянию на 01 января 2012 года:
| Наименование акционера | Доля от общего количества размещенных акций, % |
| Национальный Банк Республики Казахстан | 49,79 |
| АО "Казахстанская фондовая биржа" | 38,68 |
| Банки второго уровня | 7,41 |
| Брокерские компании | 3,71 |
| Регистратор | 0,41 |